案例,spss,数据分析

基于Bayes分层Cox回归模型的乳腺癌基因表达应用研究


全文字数:10000字左右  原创时间:<=2022年

【内容摘要】

基于Bayes分层Cox回归模型的乳腺癌基因表达应用研究目的:本文将 Bayes 分层 Cox 回归模型与惩罚 Cox 回归模型 (Ridge 模型、Lasso 模型、Elastic Net 模型)进行比较分析,探讨 并改善传统回归模型( Traditional Regression Model)应用于高维基因 表达数据出现的问题,即过度拟合(Overfitting)和模型的不稳定问题。为预测疾病风险、实现精准医疗提供科学的理论依据,更好的实现癌症病人的诊断及预后。
方法: 本文提出Bayes分层Cox回归模型的基本原理与构架过程, 运用 R3.2.3 软件分析 295 例乳腺癌患者的临床和基因生存数据。将 Bayes 分层 Cox 回归模型与岭回归(RidgeRegression)、Lasso 回归 (LeastAbsolutes Shrinkage and Selection Operator Regression)、弹性网 模型(ElasticNetModels)进行比较,通过交叉验证偏似然估计(Crossvalidation Partial Likelihood ,CVPL)、一致性指数(Concordance index,C-index)、预测误差(PredictionError)、生存曲线(Survival Curves)等多种评价指标进行模型评估,探讨和分析 Bayes 分层 Cox回归模型在高维生存分析数据中的应用优势。
结果:分析乳腺癌患者的临床和基因生存数据:(1)将尺度参数 分别为 s=0.1,0.25,0.5,0.75,1,1.5,+的 Bayes 分层 Cox 回归模型 与 Lasso 模型、弹性网模型、岭回归对临床数据进行比较分析,其交叉 验证似然估计指标 CVPL 分别为-536.897(s=0.25)、-536.139、 -534.835、-532.987,其中,岭回归 CVPL 绝对值最小。(2)将尺度 参数分别为 s=0.02,0.04,0.06,0.08,0.1 的 Bayes 分层 Cox 回归模型 与II Lasso 模型、弹性网模型、岭回归对基因生存数据进行比较分析,其 交叉验证似然估计指标 CVPL 分别为-514.501(s=0.06)、-540.188、 -539.995、-540.203。(3)计算临床和基因数据预测误差,绘制预测 误差图和生存曲线图(SurvivalFunction),其中,Bayes 分层 Cox 回归模型预测误差最低。
结论:在对临床和高维基因表达数据进行分析时, Bayes 分层 Cox 回归模型与岭回归、Lasso 模型、弹性网模型相比,其评估指标和预
测误差均优于后者,更能有效的预测病人的疾病风险,是生存数据分析的理想模型。
关键词: 高维基因表达数据;岭回归;Lasso 模型;弹性网模型; Bayes 分层 Cox 回归模型

 

*若需了解更多与协助请咨询↓→[电脑QQ][手机QQ]【数据协助】