基于耦合关系的技术创新网络组织治理逻辑技术创新网络系统整体最优与结点局部最优之间的矛盾统一，超越了目前的组织理论（Organization Theory）的范畴；建立在交易成本范式基础上的治理逻辑，难以满足合作创新性活动的要求。关系是经济运行的基础，合作网络组织治理的核心在于参与者相互之间的关系领域，从耦合关系的视角出发更能把握技术创新网络治理的本质。网络组织治理的最大挑战，在于结点相互之间的关系领域，因而合作中的耦合关系治理成为网络组织治理的基础。尹建华认为，关系治理包括两个维度：关系结构与关系过程，也就是结点间的耦合结构与耦合过程。网络治理蕴涵的制度设计，目标是通过组织结构尽可能合理地配置组织可控的资源。耦合过程是网络的运作过程，建立在网络组织合作创新目标的基础上。对耦合过程的治理，一般建立在契约或制度的基础上。
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