政府投资审计是对政府投资项目以其实现经济、社会环境等效益的程度和途径为内容，以促进效益的提高为目的所进行的审计。经济性、效率性和效果性是政府投资效益审计的三个要素。深入研究，扎实有效地开展政府投资项目效益审计，具有十分重大的意义。政府投资审计，重点应从投资决策、资金使用、项目管理和投资效益四个环节开展效益审计。目前政府投资项目效益审计存在以下一些问题：一、投资立项决策的审计与评价。一个工程项目的命运首先取决于项目立项决策。一个决策失误的项目，再规范的项目管理也无济于事。因此，实施投资效益审计，应注重对投资决策的科学性、合理性作出独立评价。目前，我国投资领域普遍存在低水平重复建设、损失浪费、投资效益低下等问题。产生这些问题的原因是多方面的，关键在于投资决策缺乏科学性、合理性。
二、对投资建设资金的拨付、使用和管理中的真实性、合法性进行审计和评价。政府直接投资项目资金来源主要为财政性资金。目前由于管理部门和环节较多，在资金的拨付、转移、使用中存在许多问题，因此必须就其真实性、合法性作出审计评价。
三、对项目管理的审计与评价。审查项目法人责任制、资本金制、招投标制、合同制和工程监理制的落实情况。
四、对投资效益的审计与评价。政府投资项目主要是非经营性项目，不以盈利为目的，主要是为社会公众提供公益性服务。所以，衡量其效益就不能只看其自身的经济效益，更应该注重其满足社会共同需要的优劣程度及推动同民经济和社会事业持续、快速、健康发展的效果，更应该从宏观效益、社会效益及生态效益方面评价项目的投资效益。
审计评价项目的投资效益，首先要确立评价投资效益优劣程度的审计标准。具体操作中，可把项目初步设计中的预期效益和同行业平均水平作为评价标准，通过实际效益与标准效益的对比分析，对项目的投资效益作出客观评价。实际工作中，审计目的不同决定了评价性质的不同，效益表现形式的不同决定了评价范围和内容的不同，具体到建设项目，可因建设项目的行业性质和审计目的进一步细化效益评价指标。
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